建久７年（１１９６）に豊後国守護、大友能直が鎌倉の鶴岡八幡宮より勧請して丸亀字亀甲に創建。その後応永元年（１３９４）に第１１代大友親世の手により、高田荘全てを神領とし壮大な社殿が築かれた。（高田の荘は、大分川以東から、大在の志村、
川添に至る範囲をいう）

寛永２年（１６２５）９月、大洪水に遭い、御神体が大字南の古木に留まったので、ここに仮殿を築いた。

　寛永６年（１６２９）肥後藩主 加藤忠広（加藤清正の後継）は現在地に金銀をちりばめた黄金の社殿を造営した。 この時の参拝者の歓声は千里にも達したとある。

　その後たびたび洪水の被害に遭うのを嘆き、常行の庄屋 首藤理左衛門は社殿の大造営を行い、現在の高さに築き上げた。

平成８年（１９９６）八百年祭を盛大に執り行う。八百年祭記念事業として老朽化した拝殿並びに神輿倉を改築。

平成１８年（２００６）八百十年祭を執り行う。八百十年祭事業計画のもと平成１６年から神楽殿の改修・調度品の新調・玉垣の補修など２年間にわたる整備を終え、盛大に執り行われた。

　平成２０年（２００８）御神輿（おみこし）、子ども神輿を新調。